Viele der bei chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen eingesetzten Wirkstoffe lassen sich topisch verabreichen. Eine besonders wichtige Rolle spielt dabei das Kortikoid Budenosid.
Eine Reihe von Substanzen, die bei Morbus Crohn und Colitis ulcerosa als Therapie der ersten Wahl gelten, lassen sich topisch applizieren. Dazu zählt 5-Aminosalicylsäure (5-ASA, Mesalazin), die direkt als Wirksubstanz oder als Prodrug (Sulfasalazin, Olsalazin, Balsalazid) verabreicht wird. Verschiedene orale 5-ASA-Präparate setzen den Wirkstoff infolge ihrer speziellen Galenik erst im Dünndarm frei, was speziell bei Morbus Crohn therapeutisch von Nutzen ist.
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